O Caunesp é uma unidade complementar da UNESP, criada em 1988, que integra grupos de pesquisa que atuam em aquicultura para gerar e difundir conhecimento referente à biologia e produção de organismos aquáticos, bem como à estrutura e funcionamento dos ecossistemas hídricos. O Caunesp oferece curso de Pós-Graduação em Aquicultura, que é referência nacional e com crescente inserção internacional.